En un futuro lejano, 1.000 años después de una guerra catastrófica que provocó un mundo post-apocalíptico, la Tierra está cubierta por unos bosques llenos de hongos venenosos e insectos gigantescos. Los humanos han quedado reducidos a unos pocos pueblos aislados que intentan sobrevivir a duras penas a orillas de un bosque contaminado con gases tóxicos e insectos mutantes gigantes, que cubren gran parte de la Tierra. El Valle del Viento es un reinado minúsculo, rodeado de reinos más poderosos y hostiles. Nausicaä es la princesa del Valle del Viento y única hija del rey. Ella trata de encontrar un sentido al bosque contaminado y se resiste a ver a los insectos como enemigos. La crisis estalla cuando el reino vecino de Tolmekia, al mando de la princesa Kushana, invade el pueblo e intenta revivir a un mortífero "Dios de la guerra", de los tiempos de la gran guerra, para triunfar contra sus enemigos y contra el bosque contaminado.